十一月，张温破北宫伯玉于美阳，因遣荡寇将军周慎追击之，围榆中；又遣中郎将董卓讨先零羌。慎、卓并不克。而且周慎几乎全军覆没，唯董卓以全军还。但好多人听说孙坚指陈董卓三条罪状，劝张温诛杀他，都为之叹息。于是，朝廷拜孙坚为议郎。
中平四年，长沙人区星反叛，自称将军，聚众一万多人，攻围城邑。朝廷任命孙坚为长沙太守，前往剿灭。
孙坚到郡，检选循吏，使之治民，并且明白交代：“你们只管好好对待善良百姓，好好处理官曹文书，按规矩办事。至于郡中盗贼，交我负责好了！”他说到做到，立即率领将士，谋划方略，仅一个月的工夫，就打败了区星，郡中震服。
当时，周朝、郭石等人也在零陵、桂阳一带起义，与区星遥相呼应。孙坚就越过郡界，前往征讨。这样一来，三个郡都得到了平定，秩序井然。
据《吴录》记载，庐江太守陆康的侄儿当时任宜春县令，被敌兵所攻，派人向孙坚求救。主簿劝孙坚不要越界征讨。孙坚回答：
“太守我没有什么文德，只以征伐为功。越界征讨，是为保全郡国。倘若以此获罪，我无愧于天下！”于是，整顿部伍，起兵驰援，敌人听说孙坚要来，闻风逃遁。汉卫朝检录孙坚前后战功，封他为乌程侯。
中平六年，汉灵帝驾崩，大将军何进与十常侍争权同归于尽，董卓废少帝刘辩，改立陈留王刘协为帝，掌握朝中大权，在京城横行跋扈，恣意妄为。孙坚闻知，拊膺长叹：“如果当年张温听了我的话，朝廷哪会有这场浩劫！”
天下诸多州郡，纷纷兴兵付伐董卓。孙坚也参与其事。孙坚起兵不久，便做了两件大事。兵到荆州，逼死了荆州刺史王睿；兵到南阳，杀掉了南阳太守张咨。
王睿曾和孙坚一起平定零陵、桂阳。因为孙坚是武官，所以，他在言谈中，常常流露轻蔑之意。对此，孙坚早就心存不满。王睿又与武陵太守曹寅合不来。
这次举兵讨伐董卓，王睿宣称要先杀曹寅。曹寅害怕被杀，便假冒案行使者光禄大夫温毅的檄文，下达给孙坚，檄文中数说王睿的罪过，命令孙坚将他处死。孙坚领受檄文，立即起兵前往。
王睿闻知有军队到来，登楼观望，并派人询问这些兵来此的意图。孙坚的前部回答：“我们长久奔波在外。
劳苦不堪，所得的赏赐，还不够做衣服呢！这次来，不过是想请您开恩，再赏些财物。”王睿信以为真，说道：“这有何难，我做刺史的，难道还去吝啬吗？”当下传令打开库藏，让兵士们自己进去，看还有什么东西可资用度。
等到来兵涌到楼下，王睿才发现了孙坚，大惊，忙问：“士兵们自来请求赏赐，孙府君怎么也在这里？”孙坚回答：“奉案行使者檄文，特来取你的首级。”王睿又问：“我犯了什么罪？”孙坚回答：“在下我也不知道！”王睿走投无路，刮金饮之而死。
孙坚除掉王睿之后，引军到达南阳。下公文给南阳太守张咨，请他供应军粮。当时孙坚部下已有数万人，袁术也已上表，奏请以孙坚为代理中郎将。
张咨问手下人应该如何对待。手下人说：“孙坚不过是邻郡的一个太守，他无权调发我们的粮饷。”张咨认为言之有理，于是，对孙坚不加理睬。
孙坚以牛酒为礼物去拜访张咨，张咨第二天只好也来答谢。孙坚设宴款待，酒酣，孙坚的主簿进来禀报：“前有文书传给南阳太守，但至今道路尚未修整，军用钱粮尚未备足，请将他逮捕交付主簿问个明白。”
张咨见势头不好，想要离去。但四周已布满士兵，根本无路可走。一会儿工夫，主簿又进来向孙坚请示：“南阳太守稽停义兵，使贼不时讨，请收出案军法从事”。说着，便令部下将张咨推出军门斩首。南阳郡府官员大为震惊，从此，孙坚的部队想要什么，就有什么。